Сведений о строительстве первых Пророко-Ильинской и Владимирско-Богородицкой церквей по документам Центрального государственного архива Удмуртской Республики не обнаружено. Известно, что в начале ХVIII в. в селе уже существовали деревянная Пророко-Ильинская и Владимирско-Богородицкая церкви.
В июне 1768 г. Преосвященным Варфоломеем, епископом Вятским и Великопермским, дана храмозданная грамота на строительство вместо обветшавшей Владимирско-Богородицкой церкви новой деревянной церкви с тем же названием.
Церковь была построена в 1770 г. и по указу Вятской духовной консистории от 15 марта 1770 г. № 287 освящена во имя Владимирской иконы Божьей Матери. В 1801 г. по клировым ведомостям в селе значились 2 деревянные ветхие церкви: Пророко-Ильинская и Владимирско-Богородицкая.
4 марта 1801 г. Вятской духовной консисторией выдана храмозданная грамота № 566 на строительство каменной церкви, которая была построена на средства прихожан в 1807 г. с тремя престолами. В холодной церкви – главный – освящен во имя Богоявления Господня, в теплой – правый– освящен 20 июня 1807 г. в честь Владимирской иконы Божьей Матери, левый – освящен 23 июня 1808 г. в честь Св. Пророка Илии.
В состав прихода в 1846 г. входили: с. Нечкино, д. Пислегово, д. Макарово, д. Усть-Нечкинка, д. Чепаниха, д. Дуванак, поч. Голованов, поч. Коновалов, поч. Чукавин, д. Горбунова, д. Юриха, д. Сениха, д. Лагуново, д. Немешаево, д. Слепокурова, д. Килина, д. Боровики, д. Шадренки.
5 мая 1868 г. при церкви открыто церковно-приходское попечительство.
Богоявленская церковь закрыта по Указу Президиума Верховного Совета УАССР от 3 сентября 1941 г. Здание передано под больницу. В последующие годы здание церкви использовалось как клуб и библиотека, хлев для скота, гараж, зерносклад и склад удобрений.

18 ноября 1996 года в Управлении Министерства Российской Федерации по налогам сборам по Удмуртской Республике официально зарегистрирован  приход.
В  2007 году  по инициативе Президента Удмуртии Александра Александровича Волкова началась реставрация церкви.
Биатлонист Иван Черезов приобрёл и передал в дар восстанавливаемой церкви 8 колоколов. 14 апреля 2013 года они были освящены и установлены на колокольне.
6 июля 2013 года, в день Владимирской иконы Божьей Матери, в восстановленном Богоявленском храме с. Нечкино Сарапульского района, в связи с 205-летием храма было совершено освящение престола, антиминса и Божественная литургия в южном приделе Владимирской иконы Божией Матери. Чин освящения совершил Митрополит Ижевский и Удмуртский Николай. Правящему Архиерею сослужил благочинный Сарапульского округа митрофорный протоиерей Вячеслав Остроумов и духовенство Сарапульского благочиния.